辖三支分舰队。
原本的水师提督邓世昌升级为海军元帅，依旧统领海军。
七大战区和海军建立之后，朝廷的大本营也要相应建立起来。
在朝廷中枢，江川设立了最高统帅府，自领最高统帅。
最高统帅府下辖总参谋部。
总参谋部则是下辖办公厅，参谋处，陆军司和海军司，后勤司，国防动员司以及军情司，悬镜司等衙门。
其他司顾名思义即可明白其职责，唯有悬镜司特殊一些。
悬镜司，取明镜高悬之意，是江川设立的军中纠察，监督，审查，谈判，处决机构，主要针对的是军人的违法乱纪之事进行纠察监督以及审判处决等，可以说是高悬在所有军人头上的一柄法剑。
总参谋部最高长官为大都督，由原江南总督胡宗宪担任。
黑冰台原有职能并入总参军情司。各司各处除了设置长官之外，均由许多参谋和书办人员组成。
现在正值冬天，除了蜀州没有平定之外，其他各地也都基本比较平静，正是适合改编军队，进行训练的时候。
通过改组，整个军队的完整体系已经基本上从上到下都建立起来，骨架基本完备，剩下的便是小范围的调整和补充了。