金约柜被当做耶路撒冷的珍宝，然而有关它的下落，可谓众说纷纭，千百年它似乎也成了一门独特的学问。
许多人认为，金约柜是公元前587年或前586年在巴比伦人攻占和夷平耶路撒冷时被毁的。
有一种说法是，金约柜注定要返圣殿山，将被安放在一座新建神殿的至尊堂里。新的神殿将在弥赛亚时期建成，并以此昭示天地。
阿拉伯编年史学家说，金约柜被安全地转移到了阿拉伯。十字军东征并占领了耶路撒冷城之后，圣殿骑士们到处寻找金约柜，但是始终没有找到柜子的下落。
还有一种流传甚久的传说，那就是，金约柜安放在神殿中之后，就被所罗门国王与示巴王后所生的儿子窃走，带了埃塞俄比亚。