而变得骄横跋扈，结党营‘私’，甚至跟朝廷分庭抗礼，这便是后来的党争。
党争是大明朝灭亡的原因之一。
还有一个大的弊端是，卫所制下，军纪废弛，疏于训练。导致兵员素质严重下降，以至于到明朝后期，积重难返。大明的正规军打不赢山野流贼，更打不赢关外的鞑子。每每开战，只能凭大炮或者坚成被动防守，野战根本是没有胜算。
朱由崧作为一个穿越人，当然知道明朝的这一弊端，要改变这些，必须从制度进行根治，因此他对这些进行了大刀阔斧的改革。
朱由崧这样做的结果是，官和武将平起平坐，为下一步练兵尚武做准备。
经过多日准备，一个皇权专断的大帝国呼之‘欲’出了。