故事发生在嘉靖末年，内阁首辅严嵩为了能让儿子严世藩接班，急于医治严世蕃的眼睛，四处寻找神医，在工部侍郎赵文华的推荐下，找到了被倭寇掠去日本多年、刚刚回国的名医许仪后，许仪后借口没有医治严世藩眼睛的药物，再次被海盗罗文龙送去了日本，并将他的女儿许灵儿扣为人质。
神医为严世蕃治疗眼疾的消息，不知被谁传扬了出去，导致御史邹应龙等人冒死弹劾严世藩，于是，嘉靖皇帝决定抄了严世藩的家，这时，许灵儿等人趁机逃离了严府，偶遇了落难的李成梁和李如松，并给李家父子的大忙，使得李成梁得以重新出山，李如松考中武状元。
为了配合徐阶搬倒严嵩，许灵儿协助锦衣卫抓获了倭寇与严世藩的联络人罗文龙，立下功勋，得以加入锦衣卫，接着，她千里走单骑赴日本救父，在准备回国之际又接到新的任务。当时，戚继光等爱国将领已经荡平了大明沿海的倭寇，但在日本还滞留有很多大明的海盗，朝廷派出锦衣卫赴日本锄奸，许灵儿临时受命帮忙。
七名锦衣卫在日本堺町和九州岛锄奸，由于海盗林一官及其狡猾，没能顺利完成任务，受到日本当地如岛津义久等大名的阻挠，也得到了石山本愿寺的帮助，牺牲了四名锦衣卫，但他们的行动给了海盗集团很大的打击。
严世藩和罗文龙为了给自己留后路，以给石山本愿寺捐赠为名，通过海盗运往日本很多的金银财宝，但这些金银财宝都没有送到石山本愿寺，而是留在了海盗自己的手里，招致日本大名武士不择手段的抢夺，由于海盗头子提前转移，那些日本人没能找到财宝，却毁灭了海盗的据点。
海盗头子林一
《唐船》第一季简介及点评(1/4)