，以寻求研制出大批使炭疽菌、牛瘟和羊瘟病毒及各类毒药成为进行细菌战的最适宜的武器。
第二部，是该部队的主要部门，负责各种细菌、病毒的研究和制造。下设细菌、病理学、实验动物管理、有机化学和植物学等五个分部。其细菌学分部从事炭疽菌、鼻疽菌的研究工作，并研究和大批制造牛瘟、羊瘟两种病毒。植物学分部研究细菌毒害或传染植物的方法。1943年10月，又决定增设第六分部，任务是大量增殖炭疽菌、鼻疽菌和锈菌，并在地下特种仓库内保存这种细菌。
还有制造血清疫苗的第三部，负责饲养动物的第四部，负责培训专业技术人员的第五部。第五部，是教育部，又称531部队。关东军的兽医下士官候补生，一直由第五部负责教育，1943年以后，关东军的兽医干部候补生，也不再由东京陆军兽医学校培训，而改由第100部队代培。毕业后，由关东军统一分配到各军团去工作。
另外，第100部队还先后在大连、海拉尔、拉古、佳木斯、四平设有5个支队，并在关东军各军团设置兽医部队，配合第100部队的细菌战活动。
第100部队与第731部队一样，建筑非常庞大，戒备十分森严。据原东北医大卢田广之的证词，“该部队所征用的劳工都是在指定的地方，来做活的”。王庆有在第100部队当过10多年劳工，他说：本部右前方有一座三层的高楼，由这座楼中央竖起一个高插入云的白烟囱，这个地方是中国人的禁区，“拦有铁刺线，站在旁边往里看一眼都不行，如果让日本兵发现，开枪就打”，因为这里是100部队的要害部位第二部，有庞大的细菌实验室和炼人
第八十四章 灰飞烟灭(4/7)