三日攻灭仪真卫，五日即抵达扬州城外的扬州卫。
马士英见运河水道已断，玄甲军又逼近了扬州城，正在攻打扬州卫的一万军士再不撤退，便有全军覆没的危险，立刻下令解了扬州卫之围，往西北急撤。
因为水师战舰全被施琅歼灭，大运河上的桥也全被拆了，只能强抢民船，连夜搭成了一座浮桥，全撤回了凤阳府。
刘泽清本就是个典型的墙头草，有好处就冲，没好处就闪的主儿。他在朱慈焕发布檄文之后，便知大势已去，自淮安府南下的两万大军立刻撤回了淮安府，再经淮安府北上，返回了青州府。
至此，扬州叛乱所有的援军都已撤走，扬州城已成一座孤立无援的孤城。北征的一万玄甲军、扬州卫的一千军士汇合，直接开到了扬州城下。
知府马鸣禄等人关闭了扬州城城门，开始派出使者与朱慈焕进行谈判，要求朱慈焕下令赦免叛乱的诸官吏死罪，责令辞官回乡，否则就和城里的被围困的方原同归于尽、玉石俱焚。
朱慈焕再次重申了投降的条件，就是主犯马鸣禄，扬州卫、高邮卫、仪真卫三卫指挥使必须斩首示众，但赦家眷无罪；从犯可以以银子赎罪。但前提只有一个，方原必须平安无事，否则，无论主犯、从犯尽皆灭九族，一个不赦。
扬州城里诸官吏闭门商议了一整天，虽然马鸣禄还想着再周旋几日，争取到更宽厚的投降条件，以期保命。但其他以扬州同知曲从直为首，在保命范围的官吏，还有卫所的千户却不愿再夜长梦多，直接将知府马鸣禄，三卫指挥使尽数扣押。